jazyk / language:
INTERAKTÍVNA KONFERENCIA
MLADÝCH VEDCOV
Späť do sekcie

Efektívna veľkosť populácie a genomický inbríding Slovenského strakatého plemena

Diskusná interakcia
Celkové prevedenie (dizajn)
Vedecká práca
Schovať hodnotenia

Prejsť do diskusie

Efektívna veľkosť populácie a genomický inbríding Slovenského strakatého plemena

Kristína Lehocká 1 Radovan Kasarda 1 Nina Moravčíková 1

1Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre, Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov, Katedra genetiky a plemenárskej biológie, Nitra 949 01, Slovenská republika
tina.lehocka@gmail.com

Cieľom tejto štúdie bolo vyhodnotiť efektívnu veľkosť populácie a úroveň genomického inbrídingu v populácii slovenského strakatého dobytka. V tejto štúdii bolo analyzovaných celkovo 85 jedincov, ktoré boli genotypované pomocou  čipov ICBF International Dairy and Beef a Illumina BovineSNP50 BeadChip. Historická a súčasná efektívna veľkosť populácie bola odhadovaná na základe vzťahu medzi úrovňou väzbovej nerovnováhy a efektívnou veľkosťou populácie. Väzbová nerovnováha bola počítaná v rámci autozómov samostatne a síce pre všetky SNP markery s maximálnou vzájomnou vzdialenosťou 50 000 kb. Na základe lineárnej regresie sme zistili, že za generáciu dochádzalo k poklesu o približne 7,64 jedinca, pričom súčasná efektívna veľkosť populácie je iba 38,7 jedinca. Analýza historickej veľkosti populácie preukázala, že k rapídnemu poklesu začalo dochádzať približne pred 5. generáciami, čo súvisí najmä s poklesom stavov dobytka na Slovensku. Na odhad koeficienta genomického inbrídingu boli použité tri metódy; prvá bola založená na distribúcii homozygotných úsekov (ROH) v genóme (FROH) a ďalšie metódy vychádzali z matice genomickej príbuznosti (FGRM) a matice genomickej príbuznosti počítanej z frekvencií alel (FGOF). U všetkých zvierat boli v genóme identifikované homozygotné úseky. Priemerne sa v genóme slovenského strakatého dobytka nachádzalo 82,91 ROH úsekov s dĺžkou 58,81 Mb. Krátke homozygotné úseky (<1 MB) sa v genóme vyskytovali najčastejšie a predstavovali približne 50,34% z celkového počtu identifikovaných ROH úsekov. Naopak, najmenej často sa v genóme vyskytovali dlhé ROH segmenty (<16 Mb). Odhady genomického inbrídingu vyplývajúce z matíc genomickej príbuznosti mali negatívne hodnoty, čo indikuje relatívne nižší výskyt inbredných jedincov v hodnotenej populácii. Avšak hodnota FROH súčasnej populácie na úrovni 2,05% jasne poukazuje rovnako ako zistená efektívna veľkosť na status ohrozenosti tohto plemena. Z výsledkov teda vyplýva, že do budúcnosti je potrebný neustály monitoring genetickej diverzity ako aj zohľadnenie genomických informácií pre uchovanie slovenského strakatého plemena.

Táto práca vznikla s podporou projektov APVV-14-0054, APVV-17-0060 a VEGA (1/0742/17).
Zdá sa, že Váš internetový prehliadač nepodporuje prehliadanie PDF dokumentov.
Pre zobrazenie súboru je potrebné maš nainštalovaný Adobe Reader.

Diskusia

odhad Ne 07.05.2019 10:24
Dobrý deň, zaujímavá práca. Chcel by som sa spýtať, či pri iných východiskových parametroch nie je možné dospieť k signifikantne odlišným výsledkom odhadu Ne. Teda keby sa nepoužila úroveň...Zobraziť celý komentár
Re: odhad Ne 13.05.2019 07:55
Dobrý deň, ďakujem, za otázku, ktorý odhad efektívnej veľkosti populácie myslíte? Sučasný alebo historický? Pri súčasnej efektívnej veľkosti populácie, sa pri iných prácach dospelo k odliš...Zobraziť celý komentár
odhad Ne 07.05.2019 10:24
ospravedlňujem sa za zopár preklepov : )
Peter Bališ
Moderátor
ako to je v iných krajinách 30.05.2019 08:56
Dobrý deň,

keďže som dostal už čiastočne odpoveď na moju otázku u Ing. Olšanskej, pri čítaní vašej práce som sa uvažoval nad dvoma otázkami. Efektívna veľkosť populácie kles...
Zobraziť celý komentár
Re: ako to je v iných krajinách 30.05.2019 12:29
Dobrý deň, ďakujem za otázku. V štúdií sme pracovali s 85 genotypovanými jedincami, ktorým vyšla nízka efektívna veľkosť populácie, ktorá sa každým rokom znižuje. Pričom na výpočet Ne j...Zobraziť celý komentár
Naši partneri
Generálny partner

Partneri
Špeciálne poďakovanie
Mediálni partneri
Inzercia zadarmo
Usporiadateľ