jazyk / language:
Interactive Conference
of Young Scientists
Back to section

Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Discussion interaction
Overall design
Scientific work
Show all evaluations

Go to the discussion

Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Barbora Olšanská 1 Radovan Kasarda 1 Nina Moravčíková 1

1Slovenská poľnohospodárske Univerzita v Nitre, Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov, Katedra genetiky a plemenárskej biológie, Nitra, Slovensko
baska.olsanska@outlook.com

Cieľom tejto štúdie bolo analyzovať dĺžku homozygotných úsekov (ROH segmentov) v genóme kombinovaných plemien dobytka, chovaných na Slovensku. Analyzovali sme slovenský strakatý a slovenský pinzgauský dobytok, ako naše dve autochtónne plemená. Ďalej boli analyzované aj plemená holštajn, simentál a ayrshire, ktoré boli v minulosti využívané na zošľachťovanie vyššie spomínaných kombinovaných plemien. V rámci analýzy boli hodnotené ROH úseky >4Mb, ktoré reprezentujú približne posledných 12 generácií predkov. Údaje o genóme pre celkovo 420 zvierat boli získané pomocou dvoch platforiem: Illumina Bovine SNP50v2 BeadChip a ICBF International Dairy a Beef v3. Po kontrole kvality genotypovaných dát databáza obsahovala 35934 SNP markerov. Priemerná dĺžka homozygotných úsekov v rámci autozómov bola: 7,12 Mb v prípade slovenského strakatého dobytka, 8,59 Mb slovenského pinzgauského dobytka, 10,45 Mb u plemena holštajn, 8,8 Mb u plemena simentál a 9,1 Mb u plemena ayrshire. Najdlhší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena ayrshire (15,62 Mb) a najkratší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena holštajn (6,11 Mb). Najsilnejší vplyv selekcie, reflektujúcej chovný cieľ hodnotených plemien, bol v prípade slovenského strakatého dobytka zistený pre chromozóm 5 a 6, u slovenského pinzgauského dobytka to bol chromozóm 6, u plemena holštajn chromozóm 13, u plemena simentál chromozóm 9 a u plemena ayrshire bol najsilnejší selekčný signál lokalizovaný na chromozóme 19. V týchto oblastiach sa u dobytka nachádzajú gény ovplyvňujúce imunitu (IL7R), produkciu hovädzieho mäsa (MYLK), sfarbenie srsti (KIT) a produkciu mlieka (GCG). Výsledky teda preukázali, že selekcia pôsobí zmeny prevažne v oblastiach QTL lokusov podieľajúcich sa na genetickej kontrole produkcie mlieka, mäsa, rozvoja svalov a reprodukcie.

Táto práca vznikla s podporou projektov APVV-14-0054, APVV-17-0060 a VEGA (1/0742/17).
It appears that your web browser does not support PDF documents viewing

Discussion

Peter Bališ
Moderator
hodnotenie selekčných signálov 29.05.2019 19:12
Dobrý podvečer,

chcel by som sa opýtať, podľa čoho sa hodnotí, ktoré plemeno má aké selekčné signály (podľa detekcie) a ako je to ovplyvnené homozygotnými úsekmi v SNP? (pretož...
Show all comments
Re: hodnotenie selekčných signálov 30.05.2019 06:38
Dobrý deň, ďakujem za otázku.
Signály selekcie u jednotlivých plemien boli hodnotené na základe výskytu homozygotných úsekov v genóme. Konkrétne sa jedná o 15 za sebou idúcich neprekrýv...
Show all comments
Partners
General partner

Partners
Special thanks
Media partners
Inzercia zadarmo
Organizer