jazyk / language:
Interactive Conference
of Young Scientists
Back to section

Testovanie transformácie baktérií E. coli chemickou transformáciou a použitím studenej plazmy

Discussion interaction
Overall design
Scientific work
Show all evaluations

Go to the discussion

Testovanie transformácie baktérií E. coli chemickou transformáciou a použitím studenej plazmy

Pavol Mišenko 1 Zdenko Machala 2 Roman Gardlík 3 Iveta Waczulíková 1

1Katedra jadrovej fyziky a biofyziky, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského, Mlynská Dolina, 842 48 Bratislava 4 Slovensko
2Katedra astronómie, fyziky Zeme a meteorológie, Fakulta matematiky fyziky a informatiky, Univerzita Komenského, Mlynská Dolina, 842 48 Bratislava 4 Slovensko
3Ústav molekulárnej biomedicíny, Lekárska fakulta, Univerzita Komenského, Sasinkova 4, 811 08 Bratislava Slovensko
pavolmisenko.95@gmail.com

Transformácia baktérií pomocou vpravovania špecifického DNA plazmidu je bežne používanou metódou. Využitie našla v mnohých odvetviach výskumu, od molekulárnej biológie až po mikrobiologické a genetické inžinierstvo. Baktérie sú veľmi prispôsobivé organizmy, ktoré majú schopnosť pohltiť molekuly DNA, replikovať ich, ale taktiež ich využiť na syntézu špecifických proteínov. Jednu z nových metód používaných na transformáciu baktérií predstavuje použitie nerovnovážnej (nízkoteplotnej) plazmy. Pri pôsobení nízkoteplotnej plazmy sa vytvára elektrické pole a taktiež aj nabité častice a radikály, ktoré môžu spôsobiť čiastočnú depolarizáciu membrán a následne vytvorenie pórov pre vstup DNA do bakteriálnej bunky.

Cieľom práce bolo otestovať transformáciu bakteriálneho kmeňa E. coli DH5α v roztoku CaCl2 za použitia nízkoteplotnej plazmy generovanej kladným korónovým výbojom, ktorý ako pracovný plyn používa obyčajný vzduch pri atmosférickom tlaku. Dĺžka pôsobenia výboja bolo nastavená tak, aby nenastala úplná inaktivácia buniek. Do baktérií bol vpravovaný DNA plazmid pcDNA3.1. Účinnosť transformácie sme porovnávali s bežne používanou transformáciou tepelným šokom. Nízkoteplotná plazma predstavuje možnú alternatívnu metódu, použiteľnú na vpravovanie plazmidovej DNA do baktérií.

1. Synergistic effect between electrical and chemical factors in plasma gene transfection. Isozaki, Y., a iní. 605, 2016, Archives of Biochemistry and Biophysics, s. 59-66. 0003-9861.
2. Low-energy plasma immersion ion implantation to induce DNA transfer into bacterial E. coli. Sangwijit, K., a iní. 365, 2015, Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, s. 389-393. 0168-9002.
3. Optimalization of plasma facilitated DNA delivery method. Connolly, Richard J., a iní. 103, 2015, Bioelectrochemistry , s. 15-21. 1567-5394.
It appears that your web browser does not support PDF documents viewing

Discussion

otazky 08.05.2017 06:51
V prvom rade by som chcela pochváliť zaujímavú prácu a pekný experimentálny dizajn. Mám pár laických otázok:
1) Optimalizovali ste aj dĺžku plazmovania?
2) Môže pri expozícii v ...
Show all comments
Re: otazky 10.05.2017 20:48
Ďakujem za reakciu. V prvom rade by som sa chcel ospravedlniť za neskoré reagovanie z mojej strany, bolo potrebné dokončiť bakalársku prácu, takže som nestíhal. Čo sa odpovedí na otázky týka:Show all comments
Re: Re: otazky 11.05.2017 04:54
Dakujem za odpovede a drzim palce pri obhajobach bakalarky!
Metódy transfekcie 17.05.2017 18:53
Dobrý deň Pavol, vzhľadom na to, že s problematikou výskumu kolegov z tímu som oboznámená, rada by som sa opýtala na iné metódy transfekcie, ktoré sa skúmajú, alebo (už) používajú. Ďakujem...Show all comments
Re: Metódy transfekcie 18.05.2017 07:48
Prajem pekný deň, čo sa týka iných metód, je veľmi efektívnou metóda elektroporácie. Tá sa bežne používa a je o nej aj pomerne dosť výskumov. Pri tejto metóde sú bunky vystavované silnému...Show all comments
Re: Re: Metódy transfekcie 18.05.2017 08:29
Ďakujem za odpoveď, tie nanovlákna ma priviedli k myšlienke, či kolegovia neskúsili (v rámci nejakej spolupráce) dopraviť DNA pomocou nosičov, napr. lipozómov alebo dendrimérov - čo sme využili...Show all comments
Re: Re: Re: Metódy transfekcie 20.05.2017 10:37
Ďakujem za informácie. Čo sa týka vpravovania DNA pomocou lipozómov, tak tam by mohol byť problém pri bakteriálnych bunkách, vzhľadom na to že majú bunkovú stenu a vonkajší obal. Každopádne ...Show all comments
Peter Slezák
Moderator
Bland-Altman Plot 18.05.2017 18:21
Zdravím Pavol,
viem, že pri troch bodoch je analýza dát obmedzená a je ťažké robiť zodpovedné závery. Mňa by zaujímalo ako by vyzeral výsledok analýzy zhody ak by si predpokladal nekonšt...
Show all comments
Re: Bland-Altman Plot 20.05.2017 11:16
Ďakujem za reakciu.
Ak som správne pochopil, pýtate sa aký záber by som vyvodzoval ak by (za predpokladu väčšieho počtu meraní) bol výsledok zhody záporne lineárne závislý?
Peter Slezák
Moderator
Re: Re: Bland-Altman Plot 20.05.2017 17:24
Áno, pretože tento vzťah sa môže správať tak, že pri nízkych priemerných hodnotách je rozdiel medzi metódami nižší a zo zvyšujúcimi sa hodnotami stúpa a graf, ktorý ste prezentovali vtedy ...Show all comments
Peter Slezák
Moderator
Re: Re: Re: Re: Bland-Altman Plot 23.05.2017 18:25
Možno by stálo za to spraviť aj Deming regresiu na pôvodných dátach.
Re: Re: Re: Re: Re: Bland-Altman Plot 26.05.2017 13:29
Priznám sa, že s touto metódou analýzy som sa ešte nestretol. Samozrejme uvažujem, že by som mal k dispozícií viac meraní. Pretože na Deming regresiu je potrebné mať aspoň odhad pomeru medzi va...Show all comments
Re: Re: Re: Bland-Altman Plot 23.05.2017 07:07
Za predpokladu, že by si aj väčší počet meraní udržal trend zväčšujúceho sa rozdielu so zvyšujúcimi sa hodnotami, zvažoval by som vhodnú transformáciu dát. Ak by transformácia nebola vhodn...Show all comments
Výhody metódy transformácie pomocou studenej plazmy 01.06.2017 10:10
Dobrý deň, veľmi pekná práca. Ja mám na Vás možno trochu laickú otázku, skôr z tej praktickej stránky. Chcela by som sa spýtať, aké výhody metóda transformácie pomocou studenej plazmy so se...Show all comments
Re: Výhody metódy transformácie pomocou studenej plazmy 04.06.2017 19:58
Ďakujem za otázku. Vzhľadom na to, že sa jedná o pomerne novú a ešte nepreskúmanú metódu, je ťažké hovoriť o konkrétnych, jasne stanovených, výhodách. Jednou z potencionálnych výhod je mo...Show all comments
Partners
General partner

Partners
Special thanks
Media partners
Inzercia zadarmo
Organizer