Cieľom tejto štúdie bolo vyhodnotiť efektívnu veľkosť populácie a úroveň genomického inbrídingu v populácii slovenského strakatého dobytka. V tejto štúdii bolo analyzovaných celkovo 85 jedincov, ktoré boli genotypované pomocou čipov ICBF International Dairy and Beef a Illumina BovineSNP50 BeadChip. Historická a súčasná efektívna veľkosť populácie bola odhadovaná na základe vzťahu medzi úrovňou väzbovej nerovnováhy a efektívnou veľkosťou populácie. Väzbová nerovnováha bola počítaná v rámci autozómov samostatne a síce pre všetky SNP markery s maximálnou vzájomnou vzdialenosťou 50 000 kb. Na základe lineárnej regresie sme zistili, že za generáciu dochádzalo k poklesu o približne 7,64 jedinca, pričom súčasná efektívna veľkosť populácie je iba 38,7 jedinca. Analýza historickej veľkosti populácie preukázala, že k rapídnemu poklesu začalo dochádzať približne pred 5. generáciami, čo súvisí najmä s poklesom stavov dobytka na Slovensku. Na odhad koeficienta genomického inbrídingu boli použité tri metódy; prvá bola založená na distribúcii homozygotných úsekov (ROH) v genóme (FROH) a ďalšie metódy vychádzali z matice genomickej príbuznosti (FGRM) a matice genomickej príbuznosti počítanej z frekvencií alel (FGOF). U všetkých zvierat boli v genóme identifikované homozygotné úseky. Priemerne sa v genóme slovenského strakatého dobytka nachádzalo 82,91 ROH úsekov s dĺžkou 58,81 Mb. Krátke homozygotné úseky (<1 MB) sa v genóme vyskytovali najčastejšie a predstavovali približne 50,34% z celkového počtu identifikovaných ROH úsekov. Naopak, najmenej často sa v genóme vyskytovali dlhé ROH segmenty (<16 Mb). Odhady genomického inbrídingu vyplývajúce z matíc genomickej príbuznosti mali negatívne hodnoty, čo indikuje relatívne nižší výskyt inbredných jedincov v hodnotenej populácii. Avšak hodnota FROH súčasnej populácie na úrovni 2,05% jasne poukazuje rovnako ako zistená efektívna veľkosť na status ohrozenosti tohto plemena. Z výsledkov teda vyplýva, že do budúcnosti je potrebný neustály monitoring genetickej diverzity ako aj zohľadnenie genomických informácií pre uchovanie slovenského strakatého plemena.
Pasívny
Pasívny
Pasívny
Moderátor
keďže som dostal už čiastočne odpoveď na moju otázku u Ing. Olšanskej, pri čítaní vašej práce som sa uvažoval nad dvoma otázkami. Efektívna veľkosť populácie kles...Zobraziť celý komentár
Pasívny