Po mnoho desaťročí sa ako nástroj na vyhodnocovanie biologickej efektivity skúmaných bioaktívnych molekúl in vitro využívali dvojrozmerné (2D) kultivačné modely bunkek rastúcich v monovrstve. Štúdium nádorového mikroprostredia in vitro na 2D bunkových kultúrach však dostatočne neodzrkadľuje pomery v rámci nádorového mikroprostredia. Trojrozmerné (3D) kultúry sú schopné presnejšie napodobniť niektoré vlastnosti pevných nádorov (priestorová architektúra, gradienty pH, O2, nutričných a odpadových látok). Vykazujú teda vlastnosti, ktoré sú podobné in vivo podmienkam v nádore a dokážu tak nádorové mikroprostredie simulovať vernejšie. Predstavujú preto výhodný in vitro systém aj na testovanie protinádorových liečiv.
Nádorové mikroprostredie má svoje špecifiká a jednotlivé jeho komponenty spolu komunikujú prostredníctvom molekúl, ako sú cytokíny, chemokíny, rastové faktory a bunkových produktov. Súčasťou nádorového mikroprostredia sú aj rôzne nenádorové bunky, stromálne komponenty, imunitné bunky, lymfatické a krvné cievy, ktoré obklopujú a vyživujú nádorové bunky. V mnohých pevných nádoroch vzniká nerovnováha medzi požiadavkami rýchlo proliferujúcich buniek a možnosťami vaskulárneho systému, dôsledkom čoho je vznik hypoxických oblastí s nedostatočným prísunom kyslíka. Hypoxické prostredie vedie k aktivácii adaptačných mechanizmov aj prostredníctvom transkripčného faktora HIF-1. Výsledkom je expresia spektra génov vrátane génu CA9 kódujúceho transmembránový proteín CA IX. CA IX významne prispieva k adaptácii a prežívaniu nádorových buniek v hypoxickom prostredí. Je považovaný za endogénny marker nádorovej hypoxie s expresiou dokázanou v mnohých typoch nádorov.
V našich experimentoch sme analyzovali vplyv nádorového mikroprostredia na základné charakteristiky nádorových buniek BT20. Pripravili sme bunkovú líniu BT20x z mikrotumorov ortotopického modelu nádoru v prsnej žľaze z bunkovej línie BT20. Zistili sme, že bunky BT20x proliferujú rýchlejšie v porovnaní s parentálnou líniou BT20 a majú zmenenú morfológiu. Pri kultivácii v monovrstve bunky BT20x vykazujú usporiadanejší charakter s výraznou membránovou lokalizáciou proteínu CA IX, kým bunky pôvodnej línie BT20 obsahujú množstvo veľkých buniek s cytoplazmatickou lokalizáciou CA IX. Sféroidy tvorené z buniek BT20x sú väčšie, nepravidelného tvaru s rozsiahlejšou expresiou CA IX zasahujúcou do zóny proliferujúcich buniek.